The HIV-1 sequences that are used as subtype references in the HMA subtyping kit are enumerated below (unaligned) in FASTA format.  Subtype designations follow the dash in each name.  To obtain the ALIGNED sequences go here.

HMA primers appear at the bottom of the page.  Note that half the HMA primers were reversed and complemented to match the strand orientation of the alignment.  The affected primers are clearly indicated within their sequence names.

>sf170-A3

ATGGGACCAGAGTCTAAAGCCATGTGTAAAGTTAACCCCTCTCTGCGTTACTTTAAATTGTAGCCATAACAT CACCACCCATAACATCACCACCAACAACCCCAATATCACCAAATACATGGAAGGAGAAATAAAGAACTGCTC TTACAATATGACCACAGAACTAAGGGATAAGAAACAGAAAGTGTATTCACTTTTTTATAAACTTGATGTAGT ACCAATTGATAAAAATAATGGTAATAACAATATAAGGACTCAGTATAGATTAATAAATTGTAATACCTCAGC CATTACACAGGCTTGTCCAAAAGTATCCTTTGAGCCAATTCCCATACATTATTGTGCTCCAGCTGGTTTTGC GATTCTAAAGTGTAATGATGCAGAGTTCAATGGAACAGGGCCATGCAAGAATGTCAGCACAGTACAATGCAC ACATGGAATCAGGCCAGTAATATCAACCCAACTGCTGTTAAATGGCAGTCTAGCAGAAGGAAGGGTAAAGAT TAGATCTGAAAATATCACAAACAATGCCAAAACCATAATAGTACAACTTAACAAGACTGTAGAAATTAATTG TACCAGACCTAACAACAATACAAGAAAAAGTGTACGTATAGGACCAGGACAAGCATTCTATGCAACAGGTGA CATAATAGGGGATATAAGACAAGCATATTGTAATGTCAGTAGAGCAGACTGGAATAAAACTTTACAAGGGGT AGCCAACCAATTAAAAAGTTACTTTAGTAACAAAACAATAATCTTTGCTAGCTCCTCAGGAGGGGATTTAGA AATTACAACACATAGTTTTAATTGTGGAGGAGAATTTTTTTATTGTGATACATCAGGCCTGTTTAATAGCAC ATGGGGGGGAAATAGCACTGACAGCATACAGGAGTCAAATAGCACAGAGTCAAATGACACTATAATTCTCCC ATGCAGAATAAAGCAAATTATAAATATGTGGCAGAGAGTAGGACAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCCAAGG AGTAATAAAGTGTATATCAAATATTACAGGACTTCTATTAACAAGAGATGGTGGGGATAATAACAGTGCAAA TGAAACCTTCAGACCTACAGGAGGAAATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAGTATAAAGTAGT AAAAATTGAACCACTAGGAGTAGCACCCACCCCGGCAAAGAGAAGAGTGGTGCAGAGAGAAAAAAGAGCAGT TGGAATAGGAGCTGTATTCATTGGGTTCTTAGGAGCAGCCGGAAGCACT

>br20-B1

ATGGGATCAAAGCCTAAAGCCTTGTGTAAAGTTAACCCCACTCTGTGTTACTTTAAATTGCATTGATTTGAA TAATAGTACTAACAACAATAATAGTAGTGGGGTAAAAACAGGGATAGACAAGGGAGAGATAAAAAACTGCTC TTTCAATACCACCACAAGTGTAAAAGATAAGGAGAAGAAGGAATATGCTCTCTTCTATAATCTTGATGTAGT ACAAATAGGTAATGATAATACTAGCTATAGATTGACAAGTTGTAATACCTCAGTCATTACCCAGGCCTGTCC AAAGGTAACCTTTGAGCCAATTCCCATACATTATTGTACCCCGGCTGGTTATGCGATTCTAAAGTGTAATGG TAAGAAGTTCAATGGAACAGGACCCTGTACAAATGTCAGCACAGTACAATGTACACATGGAATTAAGCCAGT AGTGTCCACTCAACTGCTGTTAAATGGCAGTCTAGCAGAAGAAGATATAGTAATTAGATCTGAAAATCTCAC AAACAATGCTAAAACCATAATAGTGCAGCTAAAGGACCCTGTAGACATTAATTGTACAAGACCCAACAACAA TACAAGAAAGAGTATACATATAGGACCAGGGAGAGCATTTTATGCAACAGGAGACATAATAGGAGATATAAG ACAAGCACATTGTAACCTTAGCAGAGCACAATGGAATGACACTTTAAGCAAGATAGTTACAAAATTAAGAGA ACAATTTGAGAATAAAACAATAAAGTTTCAGCCACCCTCAGGAGGGGATCCAGAAATTGTATTTCACAGTTT TAATTGTGGAGGGGAATTTTTCTACTGTAATACAACACAACTGTTTAATAGTACCTGGACAAATAACACTGA AGGGACAAGTAACACTACAGGGAATGACACAATCACACTCCCATGTAGAATAAAACAAATTGTAAACATGTG GCAGGAAGTAGGAAAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCAAGGGAAAAATTAAATGTTCATCAAACATTACAGG GCTACTATTGACAAGGGATGGTGGTAATAATGAGATGAACACGACCGAGATCTTCAGACCTGGAGGAGGAGA TATGAGGGACAATTGGAGGAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAAGAATTGAACCATTAGGAATAGCACC CACCAGGGCAAAGAGAAGAGTGGTGCAAAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAACATTAGGAGCTATGTTCCTTGG GTTCTTGGGAGCAGCAGGAAGCACT

>th14-B2

ATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTGTAAAATTAACCCCACTCTGTGTTACTTTAAACTGCACTGATTTGAG GAATGCTACTAATACCAGTAGTACAATGGAGGGAGGAGAAATAAAAAACTGCTCTTTCAATATCACCACGAG CATAAAAACTAAGGTAAAAGACTATGCACTTTTTTATAAACTTGATGTAGTACCAATAGATAATGATAATAC CAGCTATAGGTTGATAAATTGTAACACCTCAGTCATTACACAAGCTTGTCCAAAGGTATCCTTTGAGCCAAT TCCCATACATTATTGTACCCCGGCTGGTTTTGCGATTCTACAGTGTAACAATAAAAAGTTCAATGGAACAGG ACCATGTACAAATGTCAGTACAGTACAATGTACACATGGAATTAGGCCAGTAGTATCAACTCAACTGCTGTT AAATGGCAGTTTAGCAGAAGAAGAGGTAGTAATTAGATCTAGCAATTTCACGGACAATGCTAGAGTCATAAT AGTACAGCTGAATGAATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACATCT AGGACCAGGGCGAGCATGGTATACAACAGGACAAATAATAGGAGATATAAGACAAGCACATTGTAACCTTAG TAGCACAAAATGGAATAACACTTTAAGACAGATAACTGAAAAATTAAGAGAACAATTTGGGAACAAAACAAT AGTCTTTAATCAATCCTCAGGAGGGGACCCAGAGATTGTAATGCACAGTTTTAATTGTGGAGGGGAATTTTT CTACTGTAATACAACACAACTGTTTAATAGTACTTGGAATGATACTAGTACTTGGAATAATAATACAGGAAA TGGCACTATCACGCTCCCTTGCAGAATAAAACAAATTGTAAACATGTGGCAGGAAGTAGGAAAAGCAATGTA TGCCCCTCCCATCAGAGGACAAATTAGATGTTCATCAAATATTACAGGGTTGCTATTAACAAGAGATGGTGG TAATAGTGAGAACAAGACCACCGAGACCTTCAGACCTGGAGGAGGAGATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGA ATTATATAAATATAAAGTAGTGAAAATTGAACCATTAGGAGTAGCACCCACCAAGCCAAAGAGAAGAGTGGT GCAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAACGATAGGAGCTATGTTCCTTGGGTTCTTGGGAACAGCAGGAAGCAC T

>sf162-B3

ATGGGATCAAAGTCTAAAGCCATGTGTAAAGTTAACCCCACTCTGTGTTACTCTACATTGCACTAATTTGAA GAATGCTACTAATACCAAGAGTAGTAATTGGAAAGAGATGGACAGAGGAGAAATAAAAAATTGCTCTTTCAA GGTCACCACAAGCATAAGAAATAAGATGCAGAAAGAATATGCACTTTTTTATAAACTTGATGTAGTACCAAT AGATAATGATAATACAAGCTATAAATTGATAAATTGTAACACCTCAGTCATTACACAGGCCTGTCCAAAGGT ATCCTTTGAACCAATTCCCATACATTATTGTGCCCCGGCTGGTTTTGCGATTCTAAAGTGTAATGATAAGAA GTTCAATGGATCAGGACCATGTACAAATGTCAGCACAGTACAATGTACACATGGAATTAGGCCAGTAGTGTC AACTCAATTGCTGTTAAATGGCAGTCTAGCAGAAGAAGGGGTAGTAATTAGATCTGAAAATTTCACAGACAA TGCTAAAACTATAATAGTACAGCTGAAGGAATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCTAACAATAATACAAG AAAAAGTATAACTATAGGACCGGGGAGAGCATTTTATGCAACAGGAGACATAATAGGAGATATAAGACAAGC ACATTGTAACATTAGTGGAGAAAAATGGAATAACACTTTAAAACAGATAGTTACAAAATTACAAGCACAATT TGGGAATAAAACAATAGTCTTTAAGCAATCCTCAGGAGGGGACCCAGAAATTGTAATGCACAGTTTTAATTG TGGAGGGGAATTTTTCTACTGTAATTCAACACAGCTTTTTAATAGTACTTGGAATAATACTATAGGGCCAAA TAACACTAATGGAACTATCACACTCCCATGCAGAATAAAACAAATTATAAACAGGTGGCAGGAAGTAGGAAA AGCAATGTATGCCCCTCCCATCAGAGGACAAATTAGATGCTCATCAAATATTACAGGACTGCTATTAACAAG AGATGGTGGTAAAGAGATCAGTAACACCACCGAGATCTTCAGACCTGGAGGTGGAGATATGAGGGACAATTG GAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAAAAATTGAGCCATTAGGAGTAGCACCCACCAAGGCAAAGAG AAGAGTGGTGCAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGACGCTAGGAGCTATGTTCCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGG AAGCACT

>ma959-C1

ATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTGTAAAGTTGACCCCACTCTGTGTCACTTTAAATTGTAGCAATGCTAA CAACACTGCTACCAATAATGTAACTGCTACCAATAATGTAACCAGTGACATGAAAAATTGTTCTTTCAATGC AACCACAGAATTAAGAGATAAGAGACAGAAAGTGTATGCACTTTTTTATAAACTTGATATAGTACCACTTAA TGAGAAGGATAACAGCAGCTCTGGAGAATATAGATTAATAAATTGCAGTACCTCAACTGTAACACAAGCCTG TCCAAAGGTCTCTTTTGACCCAATTCCTATACATTATTGTACTCCAGCTGGTTATGCGATTCTAAAGTGTAA TAATAAGACATTCAATGGGACAGGACCATGCCATAATGTCAGCACAGTACAGTGTACACATGGAATTAAGCC AGTGGTATCAACTCAACTACTGTTAAATGGTAGCCTAGCAGAAGGAGAAATAATAATTAGATCTGAAAATCT GACAAACAATGTCAAAACAATAATAGTGCACCTTAATGAATCTGTAGAAATTGTGTGTACAAGACCCAACAA TAATACAAGAAGAAGTATAAGAATAGGACCAGGACAAGTATTCTATGCAAATAATGACATAATAGGAGACAT AAGACAAGCACATTGCAACATTAGTAAGGATGTCTGGAACAGTACTTTACAAAAGGTAGGTAAAAAATTAAA AGAACACTTCCCTAATAAAACAATAACATTTGAACCACACTCAGGAGGAGATCTAGAAATTACAACACATAG TTTTAATTGTAGAGGAGAATTTTTCTATTGCAATACATCAGGGCTGTTTAATAGTAACTTTAATGATACAGA AGGTAATTCAACTTTAAGCATAACCCTCCCATGCAGAATAAAACAAATTATAAACATGTGGCAGGAGGTAGG ACGAGCAATGTATGCCCCTCCCATTGAAGGAAACATAACATGTAAATCAAATATCACAGGACTACTATTGAC ACGTGGTGGAGGTCCAACTAACACAAAGACAGAGACATTCAGGCCTGGAGGAGGAGATATGAGGGACAATTG GAGAAGTGAATTATATAAGTATAAAGTGGTAGAAATTAAGCCATTGGGAGTAGCACCCACTAAGGCAAAAAG GAGAGTGGTGGAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTGTGTTCCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGG AAGCACT

>zm18-C2

ATGGGATCAAAGCTTAAAGCCATGTGTAAAGTTGACCCCACTCTGTGTCACTTTAGAATGTGGAAATGTTAA TGTTACCCATGAGAATAGCACGAAGGGGGAAATGAAAAATTGCTCTTTCAATGCAACCACAGAACTAAAAGA TAAAAAACAGAGAGTGTATGCACTTTTTTATAAACTTGATATAGTACCACTTAATGAGAATAACAACTCTAG TGAGGACTCTAGTGAGTATAGATTAATAAATTGTAATACCTCAGCCATAACACAAGCCTGTCCAAAGGTCAC TTTGGATCCAATTCCTATACATTATTGTGCTCCAGCTGGATATGCGATTCTAAAGTGTAATAATAAGACATT CAATGGGACAGGACCATGCCATAATGTCAGCACAGTACAATGTACACACGGAATCAAGCCAGTGGTATCAAC TCAACTACTGTTAAATGGTAGCCTAGCAGAAGAAGAGATAATAATTAGGTCTGAAAATCTAACAAACAATGC CAAAACAATAATAGTACATCTTAATGAATCTGTAGAAATTGTGTGTACAAGACCCAGCAATAATACAAGAAA AAGTATAAGGATAGGACCAGGACAAGCATTCTATGCAACAGGTGGCATAATAGGAAACATAAGACAAGCACA TTGTAACATTAGTAAAGAGAACTGGAATAAAACTTTACAAAAGGTAGGAAAAAAATTAGCAGAGCACTTCCC TAATAAAACAATAAAATTTGACCAACACTCAGGAGGGGACCTAGAAATTACAACACATAGCTTTAATTGTAG AGGAGAATTTTTCTATTGCAATACATCAAACCTGTTTAATAGTACATATAAGCCTAATGATACAAATAGTAC ATATAATCCTAATGATACAATCACACTCCCATGCAGAATAAAACAAATTATAAACATGTGGCAGGGGGTAGG ACAAGCAATGTATGCCCCTCCCATTGCAGGAAACATAACATGTAAATCAAATATCACAGGACTACTATTGAC ACGGGATGGAGGGTCAAATGATACCACAAACACAGAGACATTCAGACCTGGAGGAGGAGATATGAGGGACAA TTGGAGAAGTGAACTATATAAATATAAAGTGGTAGAAATTAAACCATTGGGCATAGCACCCACTGCGGCAAA AAGGAGAGTGGTGGAGACGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTGTGTTCCTTGGGTTCTTGGGAGC AGCAGGAAGCACT

>in868-C3

ATGGGATCCAAGCCTGAAGCCATGTGTAAAGTTGACCCCACTCTGTGTCACTTTAGAATGTAGAGAGGTTAA TGATACTAGAAATGGGGTTAATGTTACCAATAATGGGGAAGAAATAAAAAATTGCTCTTTCAATGCAACCAC AGAAATAAGAGATAGGAAGCAGACAGTGTATGCACTTTTTTATAGACTTGATATAGTACCACTTGATAATAA GAAGAAGAACAACTCTAGTGAGTATTATAGATTAATAAATTGTAATACCTCAGCCATAACACAAGCCTGTCC AAAGGCCACTTTTGATCCAATTCCTATACACTATTGTGCTCCAGCTGGTTTTGCGATTATAAAGTGTAATAA TAAGACATTCAATGGGACAGGACCATGCAGTAATGTCAGCACAGTACAATGTACACATGGAATTAAGCCAGT GGTATCAACTCAACTACTGTTAGATGGTAGCCTAGCAGAAGAAGGGATAATAATTAGATCTGAAAATCTGAC AAACAATGCCAAAATAATAATAGTACATCTTGATCAACCTGTAGAAATTGTGCGTACAAGACCAAACAATAA TACAAGAAAAAGTATAAGGATAGGACCAGGACAAACATTCTATGCAACAGGAGACATAATAGGAGACATAAG ACGAGCATATTGTAACATTAGTGAAAACAAATGGAATGAAACTTTACAAAGGGTGAGTAAAAAATTAGCAGA ATACTTCCCTAATAAAACAATACAATTTGCATCATCCTCAGGAGGGGACCTAGAAATTACAACACATAGCTT TAATTGTAGAGGAGAATTTTTCTATTGCAATACATCAAACCTGTTTAATGGTACATACATGAATGGTACAAA AAGTAATTCAAGCTCAACCATCACAATCCTATGCAGAATAAAACAAGTTGTAAACATGTGGCAGGAGGTAGG ACGAGCAATGTATGCCCCTCCCATTGAAGGAAACATAACATGTAAATCAAATATCACAGGACTACTATTGGC ACGTGATGGAGGAACAGAGTCAAATCATACAGAGATATTCAGACCTGGAGGAGGAGATATGAGGAACAATTG GAGAAGTGAATTATATAAATACAAAGTGGTAGAAATTAAGCCATTGGGAGTAGTACCCACTACAGCAAAAAG GAGAGTGGTGGAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATGGGAGCTGTGTTCCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGG AACCACT

>ug21-D1

ATGGGATCAAAGCCTAAAACCATGTGTAAAATTACCCCCACTCTGTGTCACTTTAAACTGCACTGAATGGAA GAATGCCACCACTAATGCCACTAATGAGGGCATAGGAATGAAAAACTGCTCTTTCACAGAAGTAAGAGATAA GAAGAAGCAAGCATATGCACTTTTTTATAAGCTTGATGTGGTACAAATGAATGATGATAATAGTACTAATAC CAGTTATAGATTAATAAATTGTAATGCCTCAACCATTACACAGGCGTGTCCAAAGATATCCTTTGAGCCAAT TCCCATACATTATTGTGCCCCAGCTGGATTTGCAATTCTAAAATGTAATGATAAAAAGTTCAATGGGACAGG TCCATGTAAAAATGTCAGCACAGTACAGTGTACACATGGGATTAAGCCAGTAGTGTCAACTCAACTGTTGTT GAATGGCAGTCTAGCAGAAGAAGAGATAATAATTAGATCTGAAAATCTCACAAATAATGCTAAAATTATAAT AGTACATCTTAATGAGTCTGTACCAATTAATTGCACAAGGCCCTACGATAAGGTAAGCTACAGGACACCTAT AGGAGTAGGGCGAGCATCCTATACAACAAGAATAAAAGGAGATATAAGACAAGCACATTGTAACATTAGTGG AGAAAAATGGAATAAAACTTTACAACAGGTAGCTGCGAAATTAAGAGACCTTCTTAACCAAACAGCAATAAT TTTTAAACCATCCTCGGGAGGGGACCCAGAAATTACAACACACAGCTTTAATTGTGGAGGGGAATTTTTCTA CTGCAATACATCAGGACTGTTTAACAATAGTGTATGGACATCAAATAGTACGATAGGGGCAAATGGGACAAT CACACTCCCATGCAGAATAAAACAAATTATAAATATGTGGCAGGGAGTAGGAAAAGCAATGTATACCCCTCC CATTGAAGGACAAATCAACTGTTCATCAACTATTACAGGACTATTGTTGACAAGAGATGGTGGTGTGAAAAA TAATAGTCAGAACGAGACCTTCAGACCTGGAGGGGGAGATATGAGAGACAACTGGAGAAATGAATTATACAA ATATAAAGTAGTAAGAATTGAACCACTAGGTCTAGCACCCACCAAGGCAAGGAGAAGAGTGGTGGAAAGAGA AAAAAGAGCAATAGGACTGGGAGCTTTGTTCCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGGAAGCACG

>ug46-D3

ATAATAATTAGATCTGAAAATCTCACAAATAATGCTAAAACCATAATAGTACAGCTTAATGAGTCTGTACCA ATTAATTGCTCAAGGCCCTACGAAAATAAAAGACGACGTACACCTATAGGACTAGGGCAAGCGTACTATACA ACAAAATTAAAAGGATATATAAGACCAGCACATTGTAATATTAGTGGAGCAGAATGGAATAAAACTTTACAA CAGGTAGCTAAAAAATTAGGAGACCTTTTCAACCAGACAACAATAATTTTTCAACCA

>th22-E1

ATGGGATCAAAGTCTAAAGCCATGTGTAAAGTTAACTCCTCTCTGTGTTACTTTAAATTGTACCAATGCTAA TTTGATCAATGTCAATAACATAACCAATGTCTCTAACATAATAGGAAATATAACAGATGAAGTAAGAAACTG TACTTTTAATATGACCACAGAAATAAGAGATAAACAGCAGAAGGTCCATGCACTTTTTTATAGGCTTGATAT AGTACAAATGCATAATGAAAATAGTAGTGAGTATAGGTTAATAAATTGTAATACTTCAGTCATTAAGCAGGC TTGTCCAAAGATATCCTTTGATCCAATTCCTATACATTATTGTACTCCAGCTGGTTATGCGATTTTAAAGTG TAATGACAAGAATTTTACTGGGACAGGGCCATGTAAAAATGTCAGCTCAGTACAATGCACACATGGAATTAA GCCAGTGGTATCAACTCAATTGCTGTTAAATGGCAGTCTAGCAGAAGAAGAGATAATAATCAGATCTGAAAA TCTCACAAACAATGCCAAAACCATAATAGTGCACCTTAATAAATCTGTAGAAATCAATTGTACCAGACCCTC CAACAATACAAGAACAAGTATAACTATAGGACCAGGACAAGTATTCTATAGAACAGGAGACATAATAGGAGA TATAAGAAGAGCATATTGTGAGATTAATGGAACAAAATGGAATAAAGCTTTAAAACAGGTAACTGAAAAATT AAAAGAGCACTTTAATAAGACAATAATCTTTCAACCACCCTCAGGAGGAGATCTAGAAATTACAATGCATCA TTTTAATTGTAGAGGGGAATTTTTCTATTGCAATACAACACGACTGTTTAGTAATACTTGCATAAAAAATGA AACCATGGCGGGGTGTAACGGCACTATCATACTTCCATGCAAGATAAAGCAAATTATAAACATGTGGCAGGG AGCAGGACAAGCAATGTATGCTCCTCCCATTAGGGGAAGAATTAATTGTGTATCAAATATTACAGGAATACT ATTGACAAGGGATGGTGGTGCTAATAATGCGAACGAGACCTTCAGACCTGGAGGAGGAAATATAAAGGACAA TTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTACAAATTGAACCACTAGGAATAGCACCCACCAGGGCAAA GAGAAGAGTGGTGGAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTATGATCTTTGGGTTCTTAGGAGCAGC AGGAAGCACT

>th06-E2

ATGGGATCAAAGTCTAAAGCCATGTGTAAAGTTAACTCCTCTCTGCGTTACTTTAAATTGTACCAATGCTAA AGTGACCAATGTCAGTAATACAATCAATGCCCCTGACATAGGAAATATAACAGATGAAGTAAGAAACTGTTC TTTTAATATGACCACAGAACTAAGAGATAAGAAGCAGAAGGTCCATGCACTTTTTTATAAGCTTGATATAGT ACAAGTTAATAGTAGTGAGTACAGGTTAATAAATTGTAATACTTCAGTCATTAAGCAGGCTTGTCCAAAGAT ATCCTTTGATCCAATTCCTATACATTATTGTGCTCCAGCTGGTTATGCGATTTTAAAGTGTAATGATAAAAA CTTCAATGGGACAGGGCCATGTAAAAATGTCAGCTCAGTACAATGCACACATGGAATTAAGCCAGTGGTATC AACTCAATTGCTGTTAAATGGCAGTCTAGCAGAAGAAGAGATAATAATCAGATCTGAAAATCTCACAAACAA TGCCAAAACCATAATAGTGTACCTTAATAAATCTGTAGAAATCAATTGTACCAGACCCTCCAACAATACAAG AACAAGTATAACTATAGGACCAGGACAAGTATTCTATAGAACAGGAGACATAATAGGAGATATAAGACAAGC ATATTGTGAGATTAATGAAACAAAATGGAATGAAACTTTAAAACAGGTAACTAAAAAATTAAAAGAGCACTT TAATAATAAGACAATAATCTTTCACCCACCCTCAGGAGGAGATCTAGAAATTATAACGCATCATTTTAATTG TAGAGGGGAATTTTTCTATTGCAATACACCAAAATTGTTTAATGGAACCATGGAGGGGCCTAATAACACGGA GGGGCCTAATAACACTACTATCATACTTCCATGCAAGATAAAGCAAATTGTAAACATGTGGCAGGGAGCAGG ACAAGCAATGTATGCTCCTCCCATCAGTGGAAGAATTAATTGTGTATCAAATATTACAGGAATACTATTAAC AAGAGATGGTGGTGCTAATAATACGACTAACGAGACCTTCAGACCTGGAGGAGGAAATATAAAGGACAATTG GAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTACAAATTGAACCACTAGGAATAGCACCCACCAGGGCAAAGAG AAGAGTGGTGGAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTATGATCTTTGGGTTCTTAGGAGCAGCAGG AAGCACT

>bz162-F1

ATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTGTGAAGTTAACCCCACTCTGTGTTACTTTAAATTGTACTGATGCCAT CAATAGCACTAAAAACAGCACCCTGATGGAAGAGTCAGGGGCAATACAAAACTGTTCTTTCAATATGACCAC AGAAGTAAGAGATAAGCAGAAGAGAGTACATGCACTTTTTTATAAACTTGATATAGTACCAATCAATGGCAG TAGAACATCATACAGGCTAATAAATTGTAATACCTCAACCATTACACAGGCTTGTCCAAAGGTATCTTGGGA TCCTATTCCCATACATTATTGTGCTCCAGCTGGTTATACGATTCTAAAGTGTAAGGATAAAAAGTTCAATGG GACAGGGCCATGCGAGAATGTCAGCACAGTACAATGTACACATGGAATTAAACCAGTGGTATCAACTCAATT GTTGTTAAATGGCAGCCTAGCAGAAGAAAGTATAGTAATCAGATCTCAAAATATCTCAGATAATGCAAAAAT CATAATAGTACACCTTAATGAATCTGTACAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTAT ACATATAGGACCAGGACGGGCACTTTATGCAACAGGAGACATAATAGGAGACATCAGAAAGGCACATTGTAA CGTTAGTAGAACACAATGGAATAAGAAGTTAGACCAGGTAAAGGCAGAGTTAAAGTCTCATTTCCCTAATGC AACAATACAATTTAACTCATCCTCAGGAGGGGACCTAGAAGTTACAATGCATCATTTTATTTGTAAAGGAGA ATTTTTCTACTGCGATACATCAAGACTGTTCAGTAACACAGAATCCAATGGCACAGAATCCAATGGCACTAT CACTCTCCCATGTCGAATAAAACAAATGGTAAACATGTGGCAGGAAGTAGGACGAACAATGTATGCCGCTCC CATCGCAGGAAACATTACCTGTAACTCAAATATTACAGGTCTACTATTGACAAGAGACGGTGGGTTAGATGA TGGTAGGAATACTAGTCAGACTAATCGGACTGAGATCTTCAGACCTGGGGGAGGAAATATGAAAGACAATTG GAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAGAAATTGAACCACTAGGAGTAGCACCCACCAAGGCAAAAAG ACAAGTGGTGAAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTATGTTCCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGG AAGCTCT

>bz163-F2

ATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTGTGAAGTTAACCCCACTCTGTGTTACTTTAAATTGTACTAATGCCAT TAATGCCACTGCCATTCAAGACGGGGACCTGAAGGAAGGACCAGGGGCAATACAAAACTGTTCTTTCAATGT GACCATGGAAGTAAGAGATAAGCAGCAGAAAGTACATGCACTGTTTATAGACTTGATATAGTACCAATTAGC AATGGAAGAAATGGCAGTGGAGACTACTACAGGCTAATAAATTGCAATACCTCAACCATTACACAGGCTTGT CCAAAAGTATCTTGGGGTCCAATTCCCATACATTATTGTGCTCCAGCTGGTTATGCGATTTTAAAGTGTAAT GATAAAAAGTTCAATGGGACAGGGCCATGCAAGAATGTCGCACAGTACAGTGTACACATGGAATTAAACCAG TGGTATCAACTCAATTGTTGTTAAATGGCAGCCTAGCAGAAGAAGATATAATAATCAGATCTCAAAATATCT CAGATAATGCAAAAACCATAATAGTACACTTTAATGAATCTGTACAGATTAATTGTACAAGACCCAACAACA ATACAAGAAAAGGTATACATATAGGACCAGGACGAGCATTTTATGCAACAGGAGACATAATAGGAGACATCA GAAAGGCCCATTGTAATGTTAGTGGAACACAATGGAATAAAACATTAGAACAAGTAAGGGCAAAGTTAAAGT CTCATTTTCCTAATGCAACAATAAAATTTAATTCATCCTCAGGAGGGGACCTAGAAATTACAATGCATAGTT TTAATTGTAGAGGAGAATTTTTCTACTGCAATACATCAGGACTGTTTAACGACACAGGATCCAATGGCACTA TCACTCTCCTATGTCGAATAAAACAAATGGTAAACATGTGGCAGGAAGTGGGACGAGCAATGTATGCCGCTC CCATCTCAGAAAACATTACCTGTAACTCGAATATTACAGGTCTACTATTGACAAGAGATGGTGGTCAGAATA ATAATCAGACTGAGACCTTCAGACCTGGGGGTGGTGATATGAAAGACTATTGGAGAAGTGTATTATATAAGT ATAAAGTAGTAGAAATTGAACCACTAGGAGTAGCACCCACCAGGGCAAAAAGACAAGTGGTGAGGAGAGAAA AAAGAGCAGTGGGAATGGGAGCTTTGTTCCTTGGGTTCTTGAGCGCGGCAGGAAGCACT

>ru131-G1

ATGGGATGAAAGCCTAAAGCCATGTGTAAAGTTAACCCCTCTCTGTGTTACTTTAAACTGTAGAAATGTAAG CTGTACTAATTGTACTAAGGGAAACAACAATAGAACTGTGGAAGGCAAGGACGAAATGAAAAACTGCTCTTT CAATGTAACTACAGAAATAAGAGATAAGAAAAAGACAGAATACGCGCTTTTCTATAAACTTGATGTAGTACC AATTAATGATGAAAGTAGTAATAGTACTTATAGGCTAATAAATTGTAATGTCTCAACCATTAAACAGGCTTG TCCAAAGGTGAATTTTGACCCAATTCCCATACATTATTGTGCTCCAGCTGGTTTTGCGATTTTAAAGTGTAG GGATAAGAATTTCACTGGAACAGGACCATGTAAAAATGTCAGTACAGTACAATGTACACATGGAATTAAGCC AGTGGTATCAACTCAATTATTGCTGAATGGCAGCTTAGCAGAAGAAGAAATAATAGTTAGATCTGAAAACTT CACAGACAATGCCAAAGTCATAATAGTGCAGCTTAATAAATCTGTAGAAATTACATGTACCAGACCTAATAA CAATACAAGAAAAAGTATAACTTTTGCACCAGGACAAGCGCTCTATGCAACAGGTGAAATAATAGGAGATAT AAGACAAGCACATTGTAATGTTAGTAGAAAAGATTGGAATGAGATGTTGCAGAATGTGACTACAAAACTAAA AGGAATCTTTAACAACACAAACATAACATATAACTCAGCTGCAGGAGGAGATCTAGAAATTACAACACATAG TTTTAATTGTAGAGGAGAATTTTTCTATTGCAATACATCAGGACTGTTTAATAATAGTGAGAATAACTCCAC TATCGAGAATAACTCCACTATCACACTCCCATGTAGGATAAAACAAATTATAATAATGTGGCAGAGAGTGGG GCAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCGCAGGAAACATCACATGTATTTCAAACATTACAGGACTACTATTAAC AAGAGATGGTGGGAACAATAATAACAGCACAAATAATGAGACCTTCAGACCTGGAGGAGGAGATATGAGGGA CAATTGGAGAAGTGAATTATATAAGTATAAAGTAGTAAGAATTAAACCACTAGGAGTAGCACCCACCAGG

>lbv21-G2

ATGGGATGAAAGCCTAAAGCCATGTGTAAAGTTAACCCCTCTCTGTGTTACCTTAAACTGTACTAATGCAAT CGCTAATGTAACCAACAGCAATAAGACTAGTAACAACAGCAGCCTTGGGAATAGCACTGTGAGTAGCATAGA AGAAATGAAAAACTGCTCTTTCAATATAACCACAGAAGTAAGAGATAAGAGTAAGAAAGAATACGCTCTTTT CTATAGACTTGATGTGGTACCAATTAATGGTAATGAAAATAGTAGTACAACTGATTATAGGCTAATAAATTG TAATGCCTCAACCATTAAACAAGCTTGTCCAAAGGTGACTTTTGACCCAATTCCCATACATTATTGCGCTCC AGCTGGGTTTGCGATTCTAACATGTAGGGATAAGAAGTTCAATGGAACAGGACCGTGTAAAAATGTCAGTAC AGTGCAATGTACACATGGAATTAAGCCAGTGGTATCAACTCAATTACTGCTGAATGGCAGTTTAGCAGAAGA AGAAATAATGATTAGATCTGAAAACTTCACAAACAATGCCAAAAACATAATAGTGCAATTTAATAAATCTAT AGATATTGTGTGTACCAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATACACATAGGACCTGGACAAGCATTATA TGCAACAGGCGCCATAATAGGCGATATAAGACAAGCACATTGTAATGTTAGTGAAACAGACTGGAGAGACAT GTTACAGAAGGTAAAAGCACAACTACAAGGAATCTACAACAAAAGCATAACCTTTAACTCATCCTCAGGAGG GGACCTAGAAATTACAGCACATAGTTTTAATTGTAGAGGAGAATTTTTCTATTGTAATACATCAGGACTGTT TAATAGTAGTATATTATCTAACAATAATGCACCATCTAATAGCAGTAAGAATATCACACTCCCATGTAGAAT AAAACAAATTGTAAGAATGTGGCAGAGGGTGGGACAAGCAATGTATGCCCCTCCCATTGCAGGAAACATTAC ATGTAAATCAAACATTACAGGACTAATATTAACAAGAGATGGTGGGAATAGTACCAATGGAAATGAGACCTT CAGACCTGCAGGAGGAGACATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAGTATAAAGTAATAAAAATTAA ACCACTAGGAGTAGCACCCACCAAGGCAAGGAGAAGAGTGGTGGGGAGAGAAAAAAGAGCAATTACTGGAGC TGTCTTCCTTGGGTTCTTAGGAGCAGCTGGGAGCACT

>vi525-G3

ATGGGATGAAAGCTTAAAGCCATGTGTAGAGCTAACCCCTCTCTGTGTTACTTTAAACTGTACTAAGGTAAC CTACAATAGCACTGCAGCCAACAATAGATCATCCACTGTCACCACCCCTACTAGTACTGTAACCAACAATAG CACTGTGAGTGGCAAAGAAGAAATGACAAACTGCTCTTTCAATGTAACCACAGAACTAAGAGATAAGCAGAA GGCAGAATACGCGCTTTTCTATAAACTTGATGTAGTACCAATTGATAATAATAGAAATGATAGTTATAGGCT AATACATTGTAATGTCTCAACCATTAAACAGGCTTGTCCCAAGGTATCTTTTGAACCAATTCCCATACATTA TTGTGCTCCAGCTGGTTTTGCAATTTTAAAGTGTAGGGAGAAGAATTTCACTGGAACAGGACTATGTAAAAA TGTCAGTACAGTACAATGTACACATGGAATTAAGCCAGTGGTATCAACTCAACTACTGCTGAATGGCAGTTT AGCAGAAAAAGAAATTATAATTAGATCTGAAAACTTCACAAACAATGCCAAAGTCATAATAGTGCAGCTTAA TGAAACTGTAGAAATTAATTGTACCAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATAAAATTCGGAACAGGACG AGTGTTATATGCAACAGGTGCCATAATAGGAAATATAAGACAAGCACATTGTAATGTTAGTACAGAAAAATG GGGTAAGATGTTACAGAATGTAGCTGCAAAACTACAAAAAGAATTTAATAAAAACATAACCTTTAACTCATC CTCAGGAGGGGACCTAGAAATTACAACACATAGTTTTAATTGTAGAGGAGAATTTTTTTATTGTAAGACATC AGAGCTGTTTAATAGTACTTGGTTGTTTAATAGTACTGGGCTGGTTAATAGTACTTGGAATGATACACGAAA AGATATTACACTGCAATGCAAAATAAAACAAATTGTGAGAATGTGGCAGAGAGTGGGACAAGCAATGTATGC CCCTCCCATCGCAGCAGGAAACATTGAATGTAGATCAAGCATTACAGGACTAATATTAACAAGAGATGGTGG GAATAATAATAATACCAATGAGACCTTCAGACCTGGAGGAGGAGACATGAGGGGCAATTGGAGAAGTGAATT ATATAAGTATAAAGTAGTAAAAATCAAATCACTAGGAGTAGCACCCACCAGGGCAAGGAGAAGAGTGGTGGA GAGAGAAAAAAGAGCAATTGGACTGGGAGCTGTCTTCCTTGGGTTCTTAGGAGCAGCAGGAAGCACT

>vi557-H2

AACCATGTAATAATTAGATCTAAAAATATCACAGACAATACCAAAAACATAATAGTACAGCTTAAAAGTCCT GTACCAATTAACTGTACCAGACCCAACAATAATACGAGAAAAAGTATAAGTATAGGGCCAGGACAAGCATTC TATGCAACAGGTGACATCATAGGAGATATAAGAAAAGCATATTGTAATATTACTAGGGAAGATTGGAAAAGG ACTTTACATGAGGTAGTTCAGCAATTAAGAGAACACTTTAATAATCAAACAATAATTTTCGAACCATCCTCA GGAGGGGACATGGAAATTACAATGCATACTTTTAATTGTAGAGGAGAATTTTTCTATTGCAATACATCAAAA TTGTTTAACAGTACTTGGGTTAACAGTACATCAAATGATATCTCAAATGGCACAACAATAATTGAACTGCCA TGCAGAATAAAACAAATTATAAACATGTGGCAGAGAGTAGGACAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCAAAGGA AAAATTACATGTGAATCAAATATTACAGGGCTAATATTGACAAGTGATCATGTTAATTCTGCAGAAAGTAAT GTTACCTTCAGACCTGGAGGAGGAGATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTA AGAGTCGAACCACTAGGATTAGCACCCACCAGGGCAAGGAGAAGAGTGGTGGAAAGAGAAAAAAGAGCTGTG GGACTGGAAGCTGTTTTCCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGGGAGCACT

>se9173-J1

ATGGGATGAAAGCTTAAAGCCATGTGTAAAGATAACCCCTCTCTGTGTCACTTTAAATTGTAGCGACGTCAA TAGTAACAATAGTACAGATAGTAATAGTAGTGCAAGCAACAATAGTCCTGAAATCATGAAAAACTGCTCTTT CAATGTAACTACAGAAATAAGAAATAAAAGGAAGCAAGAATACGCGCTTTTCTATAGACAAGATGTAGTACC AATTAATAGTGACAATAAAAGTTATATTCTAATAAACTGTAATACCTCAGTTATTAAACAGGCTTGTCCAAA GGTGTCTTTTCAACCAATTCCCATACATTATTGTGCTCCAGCTGGTTTTGCGATTCTAAAATGTAATAATAA GACTTTCAATGGAACAGGACCATGCAAAAATGTCAGTACAGTACAATGTACACACGGAATTAAGCCAGTGGT ATCAACTCAACTACTGCTAAATGGCAGTGTAGCAGAAGGAGACATAATAATTAGATCTGAAAATATCTCAGA CAATGCTAAAAACATAATAGTACAACTTAATGACACTGTAGAAATTGTGTGTACCAGACCTAATAACAATAC AAGAAAAGGTATACACATGGGACCAGGACAAGTGCTCTACGCAACAGGGGAAATAATAGGAGATATAAGGAA AGCATATTGTAACATTAGTAGAAAAGATTGGAATAACACTTTACGTAGAGTAGCTAAAAAACTAAGAGAACA CTTTAATAAAACAATAGACTTTACATCACCCTCAGGAGGGGACATAGAAATTACAACACATAGTTTTAATTG TGGAGGAGAATTTTTCTATTGTAATACATCAACACTGTTCAATAGTAGTTGGGATGAGAATAACATTAAGGA CACAAATAGTACAAATGACAACACAACTATCACAATACCATGTAAAATAAAACAAATTGTGAGAATGTGGCA AAGAACAGGACAAGCAATATATGCCCCTCCCATCGCAGGAAACATTACATGCAAATCAAATATTACAGGATT ATTATTGACACGTGATGGAGGAAACAGGAATGGCAGTGAGAATGGCACTGAGACCTTCAGACCTACAGGAGG AAATATGAAAGATAATTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAGAGCTTGAGCCACTAGGAGTAGC ACCCACCAAGGCAAAAAGAAGAGTGGTGGAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTGTGTTCCTTGG GTTCTTGGGAACAGCAGGAAGCACT

>se9280-J2

ATGGGATGAAAGCTTAAAGCCATGTGTAAAGATAACCCCTCTATGTGTCACTTTAAATTGTAGTAACATCAC TAGTAACAGTAATACAACTAGTAACAGTAGTGTAAGTAGTCCTGATATCATGACAAACTGCTCTTTCAATAT AACTACAGAAATAAGAAATAAAAGGAAGCAAGAGTACGCGCTTTTCTATAGACAAGATGTAGTACCAATTGA TAGTAACAATAAAAATTATATTCTAATAAACTGTAATACCTCAGTCATTAAACAAGCTTGTCCAAAGGTGTC TTTTCAACCAATTCCCATACATTATTGTGCCCCAGCTGGTTTTGCGATTCTAAAATGTAATGATAAGAATTT CAATGGAACAGGATCATGCAAAAATGTCAGTACAGTACAATGTACACACGGAATTAAGCCAGTGGTATCAAC TCAACTACTGCTAAATGGCAGTATAGCAGAAGGAGACATAATAATTAGATCTGAAAACATCTCAGACAATGC CAAAAACATAATAGTACAACTTAATAAAACTGTAGAAATTGTGTGTTACAGACCTAATAACAATACAAGGAA AGGTATACACATGGGACCAGGACAAGTGCTCTACGCAACAGGAGAAATAATAGGAAATATAAGAGAAACACA TTGTAACATTAGTGAAAGAGATTGGAGTAACACTTTACGTAGAGTAGCTACAAAACTAAGAGAACACTTTAA TAAAACAATAAACTTTACATCACCCTCAGGAGGGGATATAGAAATTGTGACACATAGTTTTAATTGTGGAGG AGAATTTTTATATTGTAATACATCAAAACTGTTCAATAGTAGTTGGGATAAGAATAGCATTGAAGCTACAAA TGACACAAGTNACGCAACTATCACAATACCATGTAAAATAAAACAAATTGTGAGAATGTGGCAAAGGACAGG ACAAGCAATCTATGCCCCTCCCATTGCAGGAAACATTACGTGCACATCAAATATTACAGGATTACTATTGAC ACGTGATGGAGGAAACAGGGGGAATGGCAGTGAGAATGGCACTGAGACCTTCAGACCTACAGGAGGAAATAT GAAGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAGAGATTGAGCCACTAGGAGTAGCACCCAC CAAGGCAAAAAGAAGAGTGGTGGAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTGTGTTCCTTGGGTTCTT GGGAACAGCAGGAAGTACT

>primer_ed5

ATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTG

>primer_ed31

CCTCAGCCATTACACAGGCCTGTCCAAAG

>primer_es7

TGTAAAACGACGGCCAGTCTGTTAAATGGCAGTCTAGC

>primer_ed33_reverse_complement

GAGGGGAATTTTTCTACTGTAA

>primer_es8_reverse_complement

TGAGGGACAATTGGAGAAGTGGGTCATAGCTGTTTCCTG

>primer_ed12_reverse_complement

CTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGGAAGCACT