1 11 21 31 41 51 61 71 81 91 100
>--------primer ED5--------> | | | | {V1 | | |
Consensus ATGGGATCAA AGCCTAAAGC CATGTGTAAA GTTAACCCCA CTCTGTGTTA CTTTAAATTG TACTAATGT- AAC------- ---------- ---------- 72
SF170-A3 ......C..G ..T....... .......... .........T .....C.... .......... ..GCC..--- ...ATCACCA CC-------- ---------- 79
BR20-B1 .......... .......... .T........ .......... .......... .......... C.T.G..T.G ..T------- ---------- ---------- 73
TH14-B2 .......... .......... .......... A......... .......... .......C.. C...G..T.G .GG------- ---------- ---------- 73
SF162-B3 .......... ..T....... .......... .......... .......... ..C..C.... C......T.G ..G------- ---------- ---------- 73
MA959-C1 .......... .......... .......... ...G...... ........C. .......... ..GC....CT ...------- ---------- ---------- 73
ZM18-C2 .......... ...T...... .......... ...G...... ........C. .....G.A.. .GGA.....T ..T------- ---------- ---------- 73
IN868-C3 ........C. .....G.... .......... ...G...... ........C. .....G.A.. ..GAG.G..T ..T------- ---------- ---------- 73
UG21-D1 .......... ........A. .......... A...C..... ........C. .......C.. C...G.ATGG ..G------- ---------- ---------- 73
UG46-D3 0
TH22-E1 .......... ..T....... .......... ......T..T .......... .......... ...C....CT ..TTTGATCA AT-------- ---------- 82
TH06-E2 .......... ..T....... .......... ......T..T .....C.... .......... ...C....CT ..AGTGACCA AT-------- ---------- 82
BZ162-F1 .......... .......... .......G.. .......... .......... .......... ....G...CC .T.------- ---------- ---------- 73
BZ163-F2 .......... .......... .......G.. .......... .......... .......... ........CC .TT------- ---------- ---------- 73
RU131-G1 .......G.. .......... .......... .........T .......... .......C.. ..GA.....A .G.TGTACTA ATTGTACTAA GGGAAAC--- 97
LBV21-G2 .......G.. .......... .......... .........T .......... .C.....C.. .......--- ---------- -----GCAAT CGCTAATGTA 82
VI525-G3 .......G.. ...T...... ........G. .C.......T .......... .......C.. ......G..A .C.TACAATA GCACTGCAGC CAACAATAGA 100
VI557-H2 0
SE9173-J1 .......G.. ...T...... .......... .A.......T ........C. .......... ..GCG.C--- ---------- ---------- -------GTC 70
SE9280-J2 .......G.. ...T...... .......... .A.......T ..A.....C. .......... ..G...C--- ---------- ---------- -------ATC 70
101 111 121 131 141 151 161 171 181 191 200
| | | | | | | V1} | | |
Consensus ---------A -T---ACTAA TA-TAATACT AGTAACGG-A A-A--ACTGA GAATGACACA GAAGAAATAA AAAACTGCTC TTTCAATGTA ACCACAGAAA 154
SF170-A3 ---------- -----CA... C.TC.CC..C .AC...CCC. .T.TC..CA. AT.CATGGA. .G........ .G........ ..A....A.G .........C 164
BR20-B1 ---------. A.AGT..... C.AC....A. ....GT..GG TA.AA..A.G ..TA....AG .G...G.... .......... .......ACC ......AGTG 164
TH14-B2 ---------. A.GCT..... ..CC.G..G. .CA------- ---------- -.TG..GGG. .G........ .......... .......A.C .....GAGC. 146
SF162-B3 ---------. A.GCT..... ..CC..G.G. .....T---- --TGG.AA.. ..TG....G. .G........ ....T..... ......G..C ......AGC. 158
MA959-C1 ---------- --------.. C.C.GC...C .A...T.TA. CTGCT..CA. T....TA..C AGT..C..G. ....T..T.. ........C. .........T 155
ZM18-C2 ---------- ---------- ---------- ------.TT. CCCATGAGA. T.GCACG.AG .GG.....G. ....T..... ........C. .........C 137
IN868-C3 ---------- --------G. .------... ..A..T..GG TT.ATGT.AC C...A.TGGG .......... ....T..... ........C. .......... 149
UG21-D1 ---------. A.GCC..C.C ..A.GCC... .A.G.G..C. TA-------- ---------- ---.G...G. .......... ....------ ---......G 134
UG46-D3 0
TH22-E1 ---------- -----GTC.. ..AC.TA..C .A.GT.TCT. .C.TA.TA.G A...ATA... ..T...G... G......TA. ...T...A.G .......... 167
TH06-E2 ---------- -----GTC.G ..A..CA.TC .A.GC.CCTG .C.TA---.G A...ATA... ..T...G... G......T.. ...T...A.G .........C 164
BZ162-F1 ---------. A.AGC...-- ----..A.AC ..C.C.---- -----CTGAT .G.A..GT.. .GG.C....C .......T.. .......A.G .........G 149
BZ163-F2 ---------. A.GCC...GC C.T.C.AGAC G.GG..---- -----CTGA. .G.A.GAC.. .GG.C....C .......T.. .........G ....TG...G 155
RU131-G1 ---------- ---------- ---------- ------AAC. .T.GA....T .G.A.G..AG ..C.....G. .......... .......... ..T....... 161
LBV21-G2 ACCAACAGC. A.AAG....G ..AC..C.GC ..CCTT..G. .T.GC....T ..G.AG..T. ........G. .......... .......A.. .........G 182
VI525-G3 TCATCCACTG TCACC..CCC ..C..G.... GTA.C.AAC. .T.GC....T ..G..G..A. ........G. C......... .......... .........C 200
VI557-H2 0
SE9173-J1 AATAGTAAC. A.AGT..AG. ..G.....G. ...GCAA.C. .C.AT.G.CC T--------- ...ATC..G. .......... .......... ..T....... 161
SE9280-J2 ACTAGTAAC. G.AAT..A.C ..G...C.G. ...GTAA.T- -----.G.CC T--------- ..TATC..G. C......... .......A.. ..T....... 155
201 211 221 231 241 251 261 271 281 291 300
| | | | | | {V2 | | | | V2} |
Consensus TAAGAGATAA GAAGCAGAAA GTATATGCAC TTTTTTATAA ACTTGATGTA GTACCAAT-- -------TGA TAATAATAA- -----TACTA GT-A-TATAG 237
SF170-A3 ....G..... ...A...... ..G...T... .......... .......... ........TG ATAAAAA.A. .GG......C AATATA.GG. C.C.G..... 264
BR20-B1 ...A...... .G..A....G .A......T. .C..C..... T......... ....A...-- -------A.G ....G....- -----..... .C---..... 246
TH14-B2 ...A.AC... .GTA---... .AC....... .......... .......... ........-- -------A.. ....G....- -----...C. .C---..... 225
SF162-B3 .....A.... ..T....... .A........ .......... .......... ........-- -------A.. ....G....- -----...A. .C---....A 240
MA959-C1 .......... ..GA...... ..G....... .......... .......A.. ......C.TA ATGAGAAG.. ...C.GC.G- -----CT..G .AG.A..... 249
ZM18-C2 ...A...... A..A....G. ..G....... .......... .......A.. ......C.TA ATGAGAA.A. C..CTC..GT GAGGACT... ..G.G..... 237
IN868-C3 .........G ........C. ..G....... .........G .......A.. ......C.TG ATAATAAGA. G..G..C.-- -ACTC..G.G AGT.T..... 246
UG21-D1 .......... ....A..C.. .C........ .......... G........G ....A...GA ATG---A... .....G..C- -----..A.. CCAGT..... 225
UG46-D3 0
TH22-E1 .......... AC.......G ..CC...... .........G G......A.. ....A...-- -------GC. ....G.A..- -----..G.. ..G.G..... 252
TH06-E2 .......... .........G ..CC...... .......... G......A.. ....A.---- ---------- ----GT...- -----..G.. ..G.G..C.. 240
BZ162-F1 .......... .C..A...G. ...C...... .......... .......A.. ........-- -------CA. .GGC.G..G- -----A..AT CA---..C.. 231
BZ163-F2 .......... .C........ ...C...... .G...-...G .......A.. ........TA GCAATGGAAG A...GGC.G- -----.GGAG ACT.C..C.. 248
RU131-G1 .......... ...AA...C. .A...C..G. ....C..... .......... ........TA ------A... .G.A.G..G- -----..A.. ..ACT..... 249
LBV21-G2 .......... ..GTA..... .A...C..T. ....C....G .........G ........TA ATGGTAA... A....G..G- -----...A. C.G.T..... 276
VI525-G3 .......... .C..A..GC. .A...C..G. ....C..... .......... ........-- -------... ........G- -----A.A.G A.AGT..... 285
VI557-H2 0
SE9173-J1 .....A.... A.G.A..C.. .A...C..G. ....C....G ..AA...... ........-- -------.A. ..G.G.C..- -----..AA. ..---....T 243
SE9280-J2 .....A.... A.G.A..C.. .AG..C..G. ....C....G ..AA...... ........-- -------... ..G...C..- -----..AA. A.---....T 237
301 311 321 331 341 351 361 371 381 391 400
| | >---------primer ED31----------> | | | | | |
Consensus GTTAATAAAT TGTAATACCT CAGCCATTAC ACAGGCTTGT CCAAAGGTAT CTTTTGATCC AATTCCCATA CATTATTGTG CTCCAGCTGG TTTTGCGATT 337
SF170-A3 A......... .......... .......... .......... .....A.... .C.....G.. .......... .......... .......... .......... 364
BR20-B1 A..G.C..G. .......... ...T...... C.....C... .........A .C.....G.. .......... .........A .C..G..... ..A....... 346
TH14-B2 ...G...... .....C.... ...T...... ...A...... .......... .C.....G.. .......... .........A .C..G..... .......... 325
SF162-B3 A..G...... .....C.... ...T...... ......C... .......... .C.....A.. .......... .......... .C..G..... .......... 340
MA959-C1 A......... ..C.G..... ..A.TG.A.. ...A..C... ........C. .......C.. ......T... .........A .......... ..A....... 349
ZM18-C2 A......... .......... .......A.. ...A..C... ........CA ....G..... ......T... .......... .......... A.A....... 337
IN868-C3 A......... .......... .......A.. ...A..C... .......CCA .......... ......T... ..C....... .......... .......... 346
UG21-D1 A......... ......G... ..A....... ......G... ......A... .C.....G.. .......... .......... .C........ A.....A... 325
UG46-D3 0
TH22-E1 .......... ........T. ...T.....A G......... ......A... .C........ ......T... .........A .......... ..A....... 352
TH06-E2 .......... ........T. ...T.....A G......... ......A... .C........ ......T... .......... .......... ..A....... 340
BZ162-F1 .C........ .......... ..A....... .......... .......... ...GG..... T......... .......... .......... ..A.A..... 331
BZ163-F2 .C........ ..C....... ..A....... .......... .....A.... ...GG.G... .......... .......... .......... ..A....... 348
RU131-G1 .C........ ......GT.. ..A......A .......... ........GA A......C.. .......... .......... .......... .......... 349
LBV21-G2 .C........ ......G... ..A......A ...A...... ........GA .......C.. .......... ........C. .......... G......... 376
VI525-G3 .C.....C.. ......GT.. ..A......A .......... ..C....... .......A.. .......... .......... .......... ......A... 385
VI557-H2 0
SE9173-J1 TC.......C .......... ...TT....A .......... ........G. .....C.A.. .......... .......... .......... .......... 343
SE9280-J2 TC.......C .......... ...T.....A ...A...... ........G. .....C.A.. .......... .......... .C........ .......... 337
401 411 421 431 441 451 461 471 481 491 500
| | | | | | | | | >---primer ES7- cont's
Consensus CTAAAGTGTA ATGATAAGAA GTTCAATGGA ACAGGACCAT GTAAAAATGT CAGCACAGTA CAATGTACAC ATGGAATTAA GCCAGTGGTA TCAACTCAAC 437
SF170-A3 .......... .....GCAG. .......... .....G.... .C..G..... .......... .....C.... .......C.G ......AA.. .....C.... 464
BR20-B1 .......... ...G...... .......... ........C. ...C...... .......... .......... .......... ......A..G ..C....... 446
TH14-B2 ...C...... .CA....A.. .......... .......... ...C...... ...T...... .......... .........G ......A... .......... 425
SF162-B3 .......... .......... .......... T......... ...C...... .......... .......... .........G ......A..G .........T 440
MA959-C1 .......... ..A......C A........G .......... .CC.T..... .......... ..G....... .......... .......... .......... 449
ZM18-C2 .......... ..A......C A........G .......... .CC.T..... .......... .......... .C.....C.. .......... .......... 437
IN868-C3 A......... ..A......C A........G .......... .C.GT..... .......... .......... .......... .......... .......... 446
UG21-D1 .....A.... .......A.. .........G .....T.... .......... .......... ..G....... ....G..... ......A..G .......... 425
UG46-D3 0
TH22-E1 T......... ....C..... T..T.C...G .....G.... .......... ....T..... .....C.... .......... .......... .........T 452
TH06-E2 T......... .......A.. C........G .....G.... .......... ....T..... .....C.... .......... .......... .........T 440
BZ162-F1 .......... .G.....A.. .........G .....G.... .CG.G..... .......... .......... .......... A......... .........T 431
BZ163-F2 T......... .......A.. .........G .....G.... .C..G..... .GC-...... ..G....... .......... A......... .........T 447
RU131-G1 T......... GG........ T....C.... .......... .......... ...T...... .......... .......... .......... .........T 449
LBV21-G2 ....CA.... GG........ .......... ........G. .......... ...T.....G .......... .......... .......... .........T 476
VI525-G3 T......... GG..G..... T....C.... .......T.. .......... ...T...... .......... .......... .......... .......... 485
VI557-H2 0
SE9173-J1 .....A.... ..A......C T......... .......... .C........ ...T...... .......... .C........ .......... .......... 443
SE9280-J2 .....A.... .......... T......... ......T... .C........ ...T...... .......... .C........ .......... .......... 437
501 511 521 531 541 551 561 571 581 591 600
---primer ES7 cont'd---> | | | | | | | |
Consensus TGCTGTTAAA TGGCAGTCTA GCAGAAGAAG AGATAATAAT TAGATCTGAA AATCTCACAA ACAATGCCAA AACCATAATA GTACAGCTTA ATGAATCTGT 537
SF170-A3 .......... .......... .......G.A G.G...AG.. .......... ...A...... .......... .......... .....A.... .CA.GA.... 564
BR20-B1 .......... .......... .......... .T...G.... .......... .......... .......T.. .......... ..G.....A. .G..CC.... 546
TH14-B2 .......... .......T.. .......... ..G..G.... .......AGC ...T....GG .......T.G .GT....... ........G. .......... 525
SF162-B3 .......... .......... .......... G.G..G.... .......... ...T.....G .......T.. ...T...... ........G. .G........ 540
MA959-C1 .A........ ...T..C... .......G.. .A........ .......... .....G.... ......T... ...A...... ..G..C.... .......... 549
ZM18-C2 .A........ ...T..C... .......... .......... ...G...... .....A.... .......... ...A...... .....T.... .......... 537
IN868-C3 .A......G. ...T..C... .......... G......... .......... .....G.... .......... ..TA...... .....T...G ..C..C.... 546
UG21-D1 ..T....G.. .......... .......... .......... .......... .......... .T.....T.. ..TT...... .....T.... ....G..... 525
UG46-D3 ........ .......... .......... .T.....T.. .......... .......... ....G..... 68
TH22-E1 .......... .......... .......... .......... C......... .......... .......... .......... ..G..C.... ..A....... 552
TH06-E2 .......... .......... .......... .......... C......... .......... .......... .......... ..GT.C.... ..A....... 540
BZ162-F1 ..T....... ......C... .........A GT...G.... C......C.. ...A..T..G .T.....A.. ..T....... .....C.... .......... 531
BZ163-F2 ..T....... ......C... .......... .T........ C......C.. ...A..T..G .T.....A.. .......... .....CT... .......... 547
RU131-G1 .AT..C.G.. ......CT.. .......... .A......G. .......... ..CT.....G .......... .GT....... ..G....... ..A....... 549
LBV21-G2 .A...C.G.. .......T.. .......... .A.....G.. .......... ..CT...... .......... ..A....... ..G..AT... ..A.....A. 576
VI525-G3 .A...C.G.. .......T.. ......A... .A..T..... .......... ..CT...... .......... .GT....... ..G....... .....A.... 585
VI557-H2 A.CC .TG....... .......A.. ...A.....G .....A.... ..A....... .......... .AAGTC.... 74
SE9173-J1 .A...C.... .......G.. .......G.. .C........ .......... ...A..T..G .......T.. ..A....... .....A.... ....CA.... 543
SE9280-J2 .A...C.... .......A.. .......G.. .C........ .......... ..CA..T..G .......... ..A....... .....A.... ..A..A.... 537
601 611 621 631 641 651 661 671 681 691 700
| | | {V3 | | | | | | V3} | |
Consensus AGAAATTAAT TGTACAAGAC CCAACAACAA TACAAGAAAA AGTATACATA TAGGACCAGG ACAAGCATTC TATGCAACAG GAGACATAAT AGGAGATATA 637
SF170-A3 .......... .....C.... .T........ .......... ...G...G.. .......... .......... .......... .T........ ...G...... 664
BR20-B1 ...C...... .......... .......... .........G .......... .......... GAG......T .......... .......... .......... 646
TH14-B2 .......... .......... .......... .......... .........C .......... G.G.....GG ...A...... ..C.A..... .......... 625
SF162-B3 .......... .......... .T.....T.. .......... ......AC.. .......G.. GAG......T .......... .......... .......... 640
MA959-C1 .......GTG .......... .......T.. ........G. ......AGA. .......... .....T.... .......ATA AT........ ......C... 649
ZM18-C2 .......GTG .......... ...G...T.. .......... ......AGG. .......... .......... .......... .T.G...... ....A.C... 637
IN868-C3 .......GTG C......... .A.....T.. .......... ......AGG. .......... ....A..... .......... .......... ......C... 646
UG21-D1 .CC....... ..C.....G. ..T..G.T.. GGT...CT.C ..G.C..C.. .....GT... G.G.....C. ...A.....A .---A....A .......... 622
UG46-D3 .CC....... ..CT....G. ..T..G.A.. ..A....CG. C...C..C.. ......T... G.....G.A. ...A.....A A---AT...A ....T..... 165
TH22-E1 ......C... .....C.... ..TC...... ........C. ......AC.. .......... .....T.... ...AG..... .......... .......... 652
TH06-E2 ......C... .....C.... ..TC...... ........C. ......AC.. .......... .....T.... ...AG..... .......... .......... 640
BZ162-F1 .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ..GG...C.T .......... .......... ......C..C 631
BZ163-F2 .C.G...... .......... .......... .......... G......... .......... ..G......T .......... .......... ......C..C 647
RU131-G1 ........CA .....C.... .T..T..... .......... ......AC.T .T.C...... ......GC.. .......... .T..A..... .......... 649
LBV21-G2 ...T...GTG .....C.... .......... .......... ........C. .......T.. .........A .......... .C.C...... ...C...... 676
VI525-G3 .......... .....C.... .......... .......... ......A.AT .C...A.... ..G..TG..A .......... .T.C...... ....A..... 685
VI557-H2 .CC......C .....C.... .......T.. ...G...... ......AG.. ....G..... .......... .......... .T.....C.. .......... 174
SE9173-J1 .......GTG .....C.... .T..T..... .......... G.......C. .G........ .....TGC.. ..C....... .G..A..... .......... 643
SE9280-J2 .......GTG ...TAC.... .T..T..... ......G... G.......C. .G........ .....TGC.. ..C....... ....A..... ....A..... 637
701 711 721 731 741 751 761 771 781 791 800
| | | | | | | | | | |
Consensus AGACAAGCAC ATTGTAACAT TAGTAGAACA AAATGGAATA AAACTTTACA AAAGGTAGCT AAAAAATTAA AAGAACACTT TAATAATAAA ACAATAATCT 737
SF170-A3 .........T .......TG. C......G.. G.C....... .......... .GG......C ..CC...... ..AGTT.... ..G...C... .......... 764
BR20-B1 .......... ........C. ...C...G.. C........G .C......AG C...A...T. .C........ G......A.. .G.G...... .......AG. 746
TH14-B2 .......... ........C. ......C... .......... .C......AG .C..A..A.. G......... G......A.. .GGG..C... ......G... 725
SF162-B3 .......... .......... ....G..GA. .......... .C......A. .C..A...T. .C.......C ...C...A.. .GGG...... ......G... 740
MA959-C1 .......... ....C..... .....AGGAT GTC.....C. GT........ ........G. .......... .......... CCC....... .......CA. 749
ZM18-C2 .......... .......... .....A.GAG ..C....... .......... ........GA .........G C...G..... CCC....... .......AA. 737
IN868-C3 ....G....T .......... ....GA..AC .........G .......... ..G...GAG. .........G C....T.... CCC....... ......CAA. 746
UG21-D1 .......... .......... ....G..GA. .......... .......... .C........ GCG....... G...C.TTC. ...CC.A.C. G.......T. 722
UG46-D3 ....C..... .......T.. ....G..G.. G......... .......... .C........ .........G G...C.TT.. C..CC.G.C. ........T. 265
TH22-E1 ...AG....T .....G.G.. ..A.G..... .......... ..G.....A. .C.....A.. G......... ....G..... ....---..G .......... 749
TH06-E2 .........T .....G.G.. ..A.GA.... .........G ........A. .C.....A.. .......... ....G..... .........G .......... 740
BZ162-F1 ...A.G.... ........G. .......... C......... .G.AG...G. CC.....AAG GC.G.G.... .GTCT..T.. CCC....GC. ......CAA. 731
BZ163-F2 ...A.G..C. .......TG. ....G..... C......... ....A...G. .C.A...AGG GC...G.... .GTCT..T.. .CC....GC. .......AA. 747
RU131-G1 .......... .......TG. ........A. G.T......G .G.TG..G.. G..T..GA.. .C....C... ...G.AT... ...C..C.C. .AC....CA. 749
LBV21-G2 .......... .......TG. ....GA.... G.C....GAG .C.TG..... G......AAA GC.C..C..C ...G.AT..A C..C..A.GC ---....C.. 773
VI525-G3 .......... .......TG. .....C.GA. ......GG.. .G.TG..... G..T...... GC....C..C ..A..G.A.. ......A--- .AC....C.. 782
VI557-H2 ...A.....T .......T.. ..C...GGA. G.T.....A. GG........ TG......T. C.GC...... G......... .......C.. ........T. 274
SE9173-J1 ..GA.....T .......... ........A. G.T....... .C.......G T.GA...... ......C... G......... ......A.C. ---...GA.. 740
SE9280-J2 ...G..A... .......... ....GA..G. G.T....G.. .C.......G T.GA...... .C....C... G......... ......A.C. ---....A.. 734
801 811 821 831 841 851 861 871 881 891 900
| | | | | | <-----primer ED33------< | | {V4 |
Consensus TTAAACCATC CTCAGGAGGG GACCTAGAAA TTACAACACA TAGTTTTAAT TGTAGAGGAG AATTTTTCTA TTGCAATACA TCAGAACTGT TTAATAGTAC 837
SF170-A3 ..GCTAGC.. .......... ..TT...... .......... .......... ...G...... .......T.. ...TG..... ....GC.... .......C.. 864
BR20-B1 ..C.G...C. .......... ..T.C..... ..GT.TTT.. C......... ...G....G. .......... C..T...... A..C...... .......... 846
TH14-B2 ....T.A... .......... ....C...G. ..GT..TG.. C......... ...G....G. .......... C..T...... A..C...... .......... 825
SF162-B3 ....G.A... .......... ....C..... ..GT..TG.. C......... ...G....G. .......... C..T...T.. A..C.G..T. .......... 840
MA959-C1 ..G.....CA .........A ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... ....GG.... .........- 848
ZM18-C2 ..G.C.A.CA .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... .......... ...A.C.... .......... 837
IN868-C3 ..GC.T.... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... .......... ...A.C.... .....G...- 845
UG21-D1 .......... ...G...... ....C..... .......... C..C...... ...G....G. .......... C......... ....G..... ....C.A..G 822
UG46-D3 ..C.....-- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 273
TH22-E1 ..C.....C. .........A ..T....... ......TG.. .CA....... ........G. .......... .......... A..CG..... ...G..A... 849
TH06-E2 ..C.C...C. .........A ..T....... ...T...G.. .CA....... ........G. .......... .......... C..A..T... .....G.A.. 840
BZ162-F1 ....CT.... .......... .........G ......TG.. .CA.....T. ....A..... .......... C...G..... ...AG..... .C.G..AC.. 831
BZ163-F2 ....TT.... .......... .......... ......TG.. .......... .......... .......... C......... ....G..... .--------- 838
RU131-G1 A...CT..G. TG.......A ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... ......A..G 849
LBV21-G2 ....CT.... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... ...T...... ....G..... .........G 873
VI525-G3 ....CT.... .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ...T..G... .....G.... .......... 882
VI557-H2 .CG....... .......... ...A.G.... ......TG.. ..C....... .......... .......... .......... ...A..T... ....C..... 374
SE9173-J1 ...C.T..C. .......... ...A...... .......... .......... ...G...... .......... ...T...... ...AC..... .C.......G 840
SE9280-J2 ...C.T..C. .......... ..TA...... ..GTG..... .......... ...G...... .......A.. ...T...... ...A...... .C.......G 834
901 911 921 931 941 951 961 971 981 991 1000
| | | | | | | V4} | | | |
Consensus TTGG----AT AATAA---TA ATACGACAAA TAATACA--- ---AATGGCA C--------- TATCACACTC CCATGCAGAA TAAAACAAAT TGTAAACATG 915
SF170-A3 A...GGGGGA ....GCAC.G .C.GC.T.C. GG.GT..AAT AGC.CA.AGT .AAATGACAC ...A.TT... .......... ....G..... .A....T... 964
BR20-B1 C...ACAA.. ..C.C---.G .AGG.....G ...C..TACA GGG....A.. .--------- A......... .....T.... .......... .......... 934
TH14-B2 ....AATG.. .C..G---.. C.TG.---.. .....ATACA GGA....... .--------- ......G... ..T....... .......... .......... 910
SF162-B3 ....A---.. ....C---.. TAGG.C.... ...C..T--- ---.....A. .--------- .......... .......... .......... .A......G. 919
MA959-C1 --------.C TT...---.G ....AGA.GG ....T..--- ---.C.TTA. G--------- C..A..C... .......... .......... .A........ 922
ZM18-C2 A.ATA---.G CC...---.G ....A.AT.G ..CATATAAT CCT....AT. .--------- A......... .......... .......... .A........ 922
IN868-C3 -----CAT.C .TG..---.G G...A.A..G ....T..--- ---.GCTCA. .--------- C......A.. .T........ ........G. .......... 922
UG21-D1 .GTATGGACA TCA..---.. G.---..G.T AGGGG..--- ---.....G. .--------- A......... .......... .......... .A....T... 901
UG46-D3 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 273
TH22-E1 ...CATAA.A ...G.---A. CC.T.G.GGG G---TGT--- ---..C.... .--------- .....T...T .......AG. ....G..... .A........ 928
TH06-E2 CAT.GAGGGG CC...---.. .C...GAGGG GCC..AT--- ---..CACT. .--------- .....T...T .......AG. ....G..... .......... 922
BZ162-F1 ---------- ---------- -AGAAT.C.. .GGC...GAA TCC....... .--------- ......T... .....TC... .......... G......... 901
BZ163-F2 ---------- ---------- -------T.. CG.C...GGA TCC....... .--------- ......T... .T...TC... .......... G......... 902
RU131-G1 ---------. G.G..---.. .CT.C..T.T CG.G.AT--- ---..CTC.. .--------- .......... .....T..G. .......... .A...TA... 922
LBV21-G2 .ATATTATC. ..C..---.. ..G.AC..TC .....GC--- ---.G.AAG. A--------- .......... .....T.... .......... .....GA... 955
VI525-G3 ....TTGTT. ....GTAC.G ---G.CTGGT .....GTACT TGG....AT. .ACGAAAAGA ...T.....G .A.....A.. .......... ...G.GA... 979
VI557-H2 ....G---T. ..C.G---.. CAT.A.ATG. ..TCT..AAT GGC.CAACA. T--------- A..TGA...G .......... .......... .A........ 459
SE9173-J1 ....GATG.G .....CAT.. .GGAC..... ..G....AAT GAC..CACA. .--------- .......A.A .....T.A.. .......... ...G.GA... 931
SE9280-J2 ....GATA.G ....GCAT.G .AG.T..... .G.C...AGT ---N.C.CA. .--------- .......A.A .....T.A.. .......... ...G.GA... 922
1001 1011 1021 1031 1041 1051 1061 1071 1081 1091 1100
| | | | | | | | | | {V5
Consensus TGGCAGGGAG TAGGACAAGC AATGTATGCC CCTCCCATC- --GCAGGAAA CATTACATGT AAATCAAATA TTACAGGACT ACTATTGACA AGAGATGGTG 1012
SF170-A3 ......A... .......... .......... .........- --CA....GT A..A.AG... .T........ .......... T.....A... .......... 1061
BR20-B1 .......A.. .....A.... .......... .........- --AAG..... A....A.... TC......C. .......G.. .......... ..G....... 1031
TH14-B2 .......A.. .....A.... .......... .........- --AG....C. A....G.... TC........ .......GT. G.....A... .......... 1007
SF162-B3 .......A.. .....A.... .......... .........- --AG....C. A....G...C TC........ .......... G.....A... .......... 1016
MA959-C1 .......AG. ......G... .......... ........T- --.A...... ...A...... .......... .C........ .......... C.T.G...A. 1019
ZM18-C2 ........G. .......... .......... ........T- --........ ...A...... .......... .C........ .......... C.G.....A. 1019
IN868-C3 .......AG. ......G... .......... ........T- --.A...... ...A...... .......... .C........ .......G.. C.T.....A. 1019
UG21-D1 .......... .....A.... .......A.. ........T- --.A....C. A..C.AC... TC.....C.. .......... .T.G...... .......... 998
UG46-D3 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 273
TH22-E1 .......... C......... .........T ........T- --AGG....G A....AT... GT........ ........A. .......... ..G....... 1025
TH06-E2 .......... C......... .........T .........- --AGT....G A....AT... GT........ ........A. ......A... .......... 1019
BZ162-F1 .......A.. ......G.A. .......... G........- --........ ......C... ..C....... .......T.. .......... .....C.... 998
BZ163-F2 .......A.. .G....G... .......... G........- --T...A... ......C... ..C..G.... .......T.. .......... .......... 999
RU131-G1 ......A... .G..G..... .......... .........- --........ ...C...... .TT.....C. .......... ......A... .......... 1019
LBV21-G2 ......A.G. .G........ .......... ........T- --........ .......... ........C. .......... .A....A... .......... 1052
VI525-G3 ......A... .G........ .......... .........G CA........ ....GA.... .G.....GC. .......... .A....A... .......... 1079
VI557-H2 ......A... .......... .......... .........- --AA...... A......... G......... .......G.. .A........ ..T...CA.. 556
SE9173-J1 .....AA..A C......... ...A...... .........- --........ .........C .......... ........T. .T........ C.T.....A. 1028
SE9280-J2 .....AA.GA C......... ...C...... ........T- --........ ......G..C .C........ ........T. .......... C.T.....A. 1019
1101 1111 1121 1131 1141 1151 1161 1171 1181 1191 1200
| | | | | V5} | | <-----------primer ES8----------- cont's
Consensus G--------- TAA------T AATAATAATA AA------AC TGAGACCTTC AGACCTGGAG GAGGAGATAT GAGGGACAAT TGGAGAAGTG AATTATATAA 1091
SF170-A3 .--------- GG.------. .....C.G.G C.------.A ...A...... ......AC.. .....A.... .......... .......... .......... 1140
BR20-B1 .--------- ...------. ...G.G.TG. .C---ACG.. C....T.... .......... .......... .......... .....G.... .......... 1113
TH14-B2 .--------- ...------. .G.G.G..C. .G---ACC.. C......... .......... .......... .......... .......... .......... 1089
SF162-B3 .--------- ...------A G.G.TC.G.. .C---ACC.. C....T.... .......... .T........ .......... .......... .......... 1098
MA959-C1 .--------- .CC------A ---.C...C. C.---AAG.. A.....A... ..G....... .......... .......... .......... .......... 1098
ZM18-C2 .--------- GTC------A ...G...CC. C.---AAC.. A.....A... .......... .......... .......... .......... ..C....... 1101
IN868-C3 .--------- A.C------A ---G.GTCA. .T---CAT.. A....TA... .......... .......... ....A..... .......... .......... 1098
UG21-D1 .--------- .GT------G ..A....... GT---CAG.A C......... .......... .G........ ...A.....C .......A.. .......C.. 1080
UG46-D3 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 273
TH22-E1 .--------- .GC------. ......GCG- --------.A C......... .......... .....A.... A.A....... .......... .......... 1101
TH06-E2 .--------- .GC------. .......CG. C------T.A C......... .......... .....A.... A.A....... .......... .......... 1098
BZ162-F1 .GTTAGATGA .GGTAGGAA. .C..G.C.G. CTAATCGG.. .....T.... ........G. .....A.... ..AA...... .......... .......... 1098
BZ163-F2 .--------- .C.------G .........C .G------.. .......... ........G. .T..T..... ..AA...T.. .......... T......... 1078
RU131-G1 .--------- G..------C ........C. GCACAAAT.A .......... .......... .......... .......... .......... .......... 1104
LBV21-G2 .--------- G..------. .G..CC...G G.------.A .......... .......C.. .......C.. .......... .......... .......... 1131
VI525-G3 .--------- G..------. .......... CC------.A .......... .......... .......C.. .....G.... .......... .......... 1158
VI557-H2 ---------- ---------- -T....TC.G C.GAAAGT.A ..TT...... .......... .......... .......... .......... .......... 635
SE9173-J1 .--------- A..CA---GG ...GGC.G.G .GAATGGC.. .......... ......AC.. .....A.... ..AA..T... .......... .......... 1116
SE9280-J2 .--------- A..CAGGGGG ...GGC.G.G .GAATGGC.. .......... ......AC.. .....A.... ..A....... .......... .......... 1110
1201 1211 1221 1231 1241 1251 1261 1271 1281 1291 1300
...primer ES8---< | | | | | | | | | |
Consensus ATATAAAGTA GTAAAAATTG AACCACTAGG AGTAGCACCC ACCAAGGCAA AGAGAAGAGT GGTGGAG--- AGAGAAAAAA GAGCAGTGGG A---ATAGGA 1185
SF170-A3 G......... .......... .......... .......... ...CC..... .......... ....C..--- .......... .......T.. .---...... 1234
BR20-B1 .......... ....G..... .....T.... .A........ ....G..... .......... ....C.A--- .......... .......... .ACAT..... 1210
TH14-B2 .......... ..G....... .....T.... .......... ......C... .......... ....C..--- .......... .......... .ACG...... 1186
SF162-B3 .......... .......... .G...T.... .......... .......... .......... ....C..--- .......... ........-- -ACGC..... 1192
MA959-C1 G........G ...G.....A .G...T.G.. .......... ..T....... .A..G..... .......--- .......... .......... .---...... 1192
ZM18-C2 .........G ...G.....A .....T.G.. CA........ ..TGC..... .A..G..... .......ACG .......... .......... .---...... 1198
IN868-C3 ...C.....G ...G.....A .G...T.G.. .....T.... ..T.CA.... .A..G..... .......--- .......... .......... .---..G... 1192
UG21-D1 .......... ....G..... .......... TC........ .......... G......... ......A--- .......... .....A.A.. .---C.G... 1174
UG46-D3 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 273
TH22-E1 .......... ...C...... .......... .A........ ....G..... .......... .......--- .......... .......... .---...... 1195
TH06-E2 .......... ...C...... .......... .A........ ....G..... .......... .......--- .......... .......... .---...... 1192
BZ162-F1 .......... ...G...... .......... .......... .......... .A...CA... ....A..--- .......... .......... .---...... 1192
BZ163-F2 G......... ...G...... .......... .......... ....G..... .A...CA... ....AG.--- .......... .......... .---..G... 1172
RU131-G1 G......... ....G....A .......... .......... ....G.---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 1150
LBV21-G2 G......... A........A .......... .......... .......... G......... .....G.--- .......... .....A.TAC T------... 1222
VI525-G3 G......... ........CA ..T....... .......... ....G..... G......... .......--- .......... .....A.T.. .---C.G... 1252
VI557-H2 .......... ....G.G.C. .......... .T........ ....G..... G......... ......A--- .......... ....T..... .---C.G.A. 729
SE9173-J1 .......... ...G.GC... .G........ .......... .......... .A........ .......--- .......... .......... .---...... 1210
SE9280-J2 .......... ...G.G.... .G........ .......... .......... .A........ .......--- .......... .......... .---...... 1204
1301 1311 1321 1331
| <---------primer ED12-----------<
Consensus GCTGTGTTCC TTGGGTTCTT GGGAGCAGCA GGAAGCACT 1224
SF170-A3 .....A...A .......... A........C ......... 1273
BR20-B1 ...A...... .......... .......... ......... 1249
TH14-B2 ...A...... .......... ....A..... ......... 1225
SF162-B3 ...A...... .......... .......... ......... 1231
MA959-C1 .......... .......... .......... ......... 1231
ZM18-C2 .......... .......... .......... ......... 1237
IN868-C3 .......... .......... .......... ....C.... 1231
UG21-D1 ...T...... .......... .......... ........G 1213
UG46-D3 ---------- ---------- ---------- --------- 273
TH22-E1 ...A..A..T .......... A......... ......... 1234
TH06-E2 ...A..A..T .......... A......... ......... 1231
BZ162-F1 ...A...... .......... .......... ......T.. 1231
BZ163-F2 ...T...... .......... .A.C..G... ......... 1211
RU131-G1 ---------- ---------- ---------- --------- 1150
LBV21-G2 .....C.... .......... A........T ..G...... 1261
VI525-G3 .....C.... .......... A......... ......... 1291
VI557-H2 .....T.... .......... .......... ..G...... 768
SE9173-J1 .......... .......... ....A..... ......... 1249
SE9280-J2 .......... .......... ....A..... .....T... 1243
|
